Can thiệp vào vấn đề chuyên môn được xem là một trong những đặc trưng trong cách làm bóng đá của bầu Đệ khi ông là chủ tịch CLB Thanh Hóa. Xem thêm: Keo bong ro Trong hai giai đoạn làm chủ tịch CLB Thanh Hóa, ông Nguyễn Văn Đệ lần nào cũng vướng vào chuyện ồn ào liên quan đến việc can thiệp chuyên môn. Có vài vị HLV của đội bóng xứ Thanh đã không thể tìm được tiếng nói chung với bầu Đệ khi không được toàn quyền quyết định về nhân sự, chiến thuật của trận đấu. Soha dẫn lời một HLV giấu tên:"Về dẫn dắt CLB Thanh Hóa, tôi đã có sự chuẩn bị nhân sự, chiến thuật cho đội bóng nhưng rất tiếc tôi và anh Đệ lại va nhau. Man City vẫn có hơn Man Utd tới 11 điểm. Và chỉ trong những giấc mơ hoang đường nhất, "The Citizens" mới để mất chức vô địch. Với "Quỷ đỏ", chiến thắng trước gã hàng xóm dường như chỉ mang ý nghĩa cảm xúc. Man Utd vẫn khó tạo ra được điều gì "điên rồ" ở phần còn lại mùa giải. "Bất cứ đội bóng nào cũng muốn giành chiến thắng trong trận derby. Đây là trận đấu tính cảm xúc nhiều hơn tất cả", nhà báo Nick Atkin của SCMP nói với Zing. Tôi có trình bày về việc để cầu thủ được đảm bảo thể lực, đạt điểm rơi phong độ, cần có sự xoay vòng. Tôi lên đội hình nhưng khi xếp xong thì bầu Đệ lại gọi điện, bắt phải thay đổi. Tôi nghĩ rằng làm nghề gì cũng thế, chúng ta nên tôn trọng nhau". Vị HLV này cũng cho rằng nếu không được toàn quyền quyết định về chuyên môn, người cầm quân sẽ dần mất đi sự tôn trọng của cầu thủ. Ngoài ra, khi đội bóng không được vận hành theo chiến thuật mà HLV trưởng mong muốn, thành tích không tốt là điều dễ hiểu. Trong hai năm của giai đoạn thứ hai làm chủ tịch CLB Thanh Hóa, bầu Đệ liên tục thay HLV. Tai tiếng nhất là việc đội bóng xứ Thanh sa thải HLV Fabio Lopez ở mùa giải 2020 và bị nhà cầm quân người Italy kiện.
